在口袋妖怪漆黑的魅影5.0ex+bw的二周目中，玩家将开启一段全新的冒险旅程。当选择跳过动画后，你将发现自己回到了家中。下楼后，爸爸会给你一张船票，随后米可利会打来电话，提示你去寻找其他冠军的秘密基地。
首先，你可以看电视选择水都的颜色，尽管这个选择并不影响游戏进程，但建议选择自己不太喜欢的颜色以增加一些新鲜感。接着，出门后小田卷博士会带着你前往研究所，升级全国图鉴。这一步骤对于后续捕捉神兽和完成剧情至关重要。
接下来，你需要前往水静市寻找米可利，他就在一周目中过不去的魅影摩天楼门口。在前往水静市的途中，你会经过冬雪镇，在化石迷的家里可以拿到第二块化石。将这块化石带到得文公司二楼复活，可以获得新的口袋妖怪。
在冬雪镇向左穿过流星瀑布，你会找到一个洞口，这里可以遇到小赤和小绿，并与他们进行对话挑战。小赤的精灵包括lv.62的妙蛙花、喷火龙、水箭龟、乘龙，lv.63的卡比兽和lv.66的皮卡丘。而小绿的精灵则包括lv.62的化石翼龙、胡地、怪力、椰蛋树，lv.63的风速狗和暴鲤龙。
随后，你可以飞到茵郁市，在这里冲浪向下走，可以找到希罗娜的秘密基地。希罗娜的精灵包括lv.62的冰精灵、假面蔷薇、波克基斯、鬼盆栽，lv.63的路卡利欧和lv.64的烈咬陆鲨。与她进行对话后，你可以选择挑战她。
茵郁市左边的天气研究所也是一个重要的地点。到二楼与研究员对话，可以得知某处正在降雨。这个信息对于后续捕捉神兽至关重要。接着，你可以飞到绿岭市，向下冲浪沿着右边岩石走，这里潜水下去，在有光的地方上浮，进入洞口。尽头可以捕捉lv.70的海皇牙。
再次回到天气研究所与研究员对话，得知某处天气干燥。这时，你可以飞到冬雪镇，向左走，会发现一个新增的洞口。洞穴深处可以捕捉lv.70的古拉顿。
此外，在茵郁市向右下走，你可以找到一个洞，里面可以找到渡。渡的精灵包括lv.62的刺龙王、沙漠蜻蜓、三头龙、双斧战龙，lv.63的血翼飞龙和lv.64的快龙。在冬雪镇向右走，冲上斜坡，你可以找到阿戴克和爱丽丝。阿戴克的精灵包括lv.62的噬魂吊灯、怪力、狡猾天狗、胡地，lv.63的战羽鹰和lv.64的焚翼蛾。而爱丽丝的精灵则包括lv.62的沙漠蜻蜓、三头龙、七夕青鸟、血翼飞龙，lv.63的快龙和lv.64的双斧战龙。
在完成了这些挑战和捕捉后，你可以回到精灵联盟接受新的挑战。这次，挑战者是n。对话后进入战斗，胜利后主角会辞去冠军的职位。然后，主角会醒来，发现自己位于阿克罗马的实验室内。接下来是一段很长的剧情对话，你需要去寻找小遥和小光，询问有关三日月之羽的事情。
在门口的博士会给你一些小遥的线索。出门后，你会来到梦之实验室。在古辰镇向右冲浪，你可以找到新增的变化洞窟。在洞内找到小遥后，你们会进行一场精灵对战。胜利后，从小遥那里得到三日月之羽，再次对话可以无限挑战（但请注意，等级不够的话最好不要轻易尝试）。
至此，口袋妖怪漆黑的魅影5.0ex+bw的二周目就告一段落了。但请记住，这只是一个开始，后续还有更多的冒险和挑战等待着你。祝你游戏愉快！
